Отдел секвенирования генома вируса и человека

Основанный в 2007 году, отдел секвенирования играет ключевую роль в исследованиях в области молекулярной эпидемиологии и общественного здравоохранения в НИИ Вирусологии РСНПМЦЭМИПЗ. Отдел активно участвует в реализации национальных и международных проектов, направленных на изучение генетического разнообразия патогенов, отслеживание филогенетических связей и разработку эффективных стратегий вмешательства.

Современная наука, изучающая инфекционные заболевания, ставит перед научными исследованиями задачи, для решения которых недостаточно возможностей даже хорошо оснащённой клинической лаборатории. Ещё 20-30 лет назад диагностика инфекционных болезней основывалась на методах световой микроскопии, а иммуноферментный анализ ещё несколько лет назад считался передовым. Сегодня же борьба с инфекционными заболеваниями всё чаще осуществляется на молекулярно-генетическом уровне.

Метод секвенирования не несёт диагностической нагрузки в привычном клиническом смысле, но играет незаменимую роль в изучении генетических свойств возбудителей, выявлении мутаций, устойчивости к препаратам и молекулярной типизации патогенов.

Основные направления работы:

• Анализ генотипического разнообразия патогенов
• Оценка эффективности вакцинации
• Мониторинг лекарственной устойчивости патогенов
• Надзор за циркулирующими штаммами патогенов

Техническое оснащение:

Отдел располагает двумя платформами секвенирования:

• ABI 3500 (Секвенирование по Сэнгеру)
• Oxford Nanopore MinION (полногеномное секвенирование)

На сегодняшний день было загружено более 1000 нуклеотидных последовательностей в международные базы данных GenBank и GISAID, что вносит значительный вклад в глобальный геномный надзор.

Сотрудники отдела регулярно публикуют результаты научных исследований в национальных и международных рецензируемых журналах, что способствует обмену знаниями и укреплению научного сотрудничества.

Новые направления:

Недавно в отделе начаты работы в области метагеномного секвенирования, что позволяет расширить возможности по идентификации патогенов в сложных клинических и окружающих средах.

Вклад в здравоохранение:

Результаты нашей работы способствуют реализации национальных программ по эпиднадзору за инфекциями, расследованию вспышек и разработке научно обоснованных стратегий общественного здравоохранения.

Казакова Евгения Ивановна, PhD

Заведующая Отделом секвенирования генома вируса и человека

Образование и профессиональный опыт

• 2004-2010 гг. — бакалавриат в Ташкентской медицинской академии, специальность — врач-эпидемиолог.
• 2010-2012 гг. — магистратура в Ташкентской медицинской академии по специальности микробиология, вирусология и иммунология.
• 2011-2012 гг. — стажёр-исследователь в Научно-исследовательском институте вирусологии.
• 2012-2013 гг. — интернатура в Йокогамском институте общественного здравоохранения (Япония) по специальности ВИЧ-инфекция.
• 2014-2018 гг. — младший научный сотрудник Научно-исследовательского института вирусологии.
• 2018-2020 гг. — докторант Базовой Докторантуры НИИ Вирусологии
• 2020-2023 гг. — Assistance Professor, постдокторантура в Хиросимском университете (Япония), Факультет медицинских и биомедицинских наук, кафедра эпидемиологии, контроля и профилактики инфекционных заболеваний.
• 2022 г. - настоящее время — заведующая отделом исследований секвенирования вирусов и генома человека в Научно-исследовательском институте вирусологии Республиканского специализированного научно-практического медицинского центра эпидемиологии, микробиологии, инфекционных и паразитарных заболеваний.